2003. aastal läks kool üle eKooli süsteemile. Kuna majas olid ainult mõned üksikud arvutid, siis tuli ette ka pisaraid. Oli ju hindepanijaid ca 60. Esimesel aastal nutsid õpetajad paberpäevikuid taga. Kui aga „itimees“ Tõnu Toomeoja ulatas veerandi viimasel päeval klassijuhatajatele printerist välja tulnud soojad klassitunnistused, olid kõik jällegi pisarateni liigutatud. Ära jäi tunnistuste käsitsi kirjutamine.
![](/wp-content/uploads/2020/02/111-1024x687.jpg)
Samal aastal streikisid Eesti õpetajad esimest ja viimast korda taasiseseisvunud Eesti ajaloos ja sellega ühinesid ka Viimsi õpetajad. Streik nägi välja nii, et ühe tunni ajal ei läinud õpetajad klassi ette ja istusid õpetajate toas. Nõudmised olid seotud palgatingimuste parandamisega.
Harjumaa teatrifestivalil osales 11. kl. meediaõpilane Laura-Madleen Vaarik monoetendusega „Eva Brauni viimne ohe“. Etenduse lavastas Toomas Lõhmuste ja see sai Grand Prix omanikuks. Kooliteatrite Üleriigilisel Festivalil tekitas etendus suurt poleemikat ja arutlusi selle üle, mis sobib ja mis ei sobi kooliteatri repertuaari.
Tublilt tegutses kooliraadio, mis sisustas vahetunde ning oli väga populaarne. Kooliraadio seltskonnast oli palju abi ülekooliliste ürituste ja projektide läbiviimisel. Võõrkeelte kontserte oli korraldatud juba mitu aastat, kuid sel aastal sündis ettevalmistatud lauludest, lühinäidenditest ja tantsunumbritest kokku kolm tunnipikkust kontserti: esimene algklassidele, teine põhikoolile ja kolmas gümnaasiumiosale. Kooli noorsootöö areng sai uue tõuke, sest noortejuhina asus tööle Toni Käsper, kes arendas noorsootöövaldkonda ja algatas uusi noorteorganisatsioonide tegevusi. Koostöös kauaaegse noorsooameti juhataja Kadi Bruusiga sai võimalikuks osalemine sõprusvallas Porvoos toimuval noortemessil.
2004. aastal oli juba ka õpilastel võimalik neljal päeval nädalas õhtuti (järelvalve all) arvutiklassis töötada. Seda aega kasutati referaatide koostamiseks ja vormistamiseks ning vahel (enamasti) ka mängimiseks. Kohe septembris olid meie kooli spordilembesed gümnasistid külas Kuusankoski Lukios.
’Projekti „Parem õpetaja – parem kool“ idee ajalugu ulatub aastasse 1995, mil korraldati rahvusvaheline konverents. Nüüd tekkis idee jätkata traditsiooni 3-4 Eesti kooli regulaarselt toimiva ühisprojektina. Mõeldud – tehtud, ning projektis osalesid peale meie kooli õpetajate veel ka Püünsi Põhikooli, Prangli Põhikooli, Pirita Majandusgümnaasiumi ja Merivälja Kooli õpetajad. Õpilastel oli aga võimalus ennast täiendada eesti kaasaegse kirjanduse teemalisel õpilaskonverentsil.
Alguse sai tugiõpilasliikumine, mille eesmärgiks oli luua nn. „oma kooli vaim“, selline turvalisuse tunne, et igaühel oleks meeldiv kooli tulla ja keegi ei peaks end tundma kõrvalejäetu, kiusatu või tõrjutuna.
Emakordselt kooli ajaloos toimus aktiivsete ja õppimises edukate õpilaste vastuvõtt Laidoneri muuseumis, mis vahepeal koolimajas aset leidis, kuid nüüd jällegi mõisa saalis edasi toimub.
Tore oli see, et lisaks kodustele lastele tahtis üha rohkem lapsi lasteaia kõrval veel ka eelkoolis käia. Õpetaja Virve Meresma juhendamisel töötas eelkool oktoobrist maini.
Õppeaasta lõpunädalaks oli projektinädal, kus toimusid väga erinevad üritused ja väljasõidud kõikidele õpilastele. Juulis võeti kuue kollektiiviga osa XXIV üldlaulu- ja tantsupeost.
Samal aastal toimusid olulised etendused Viimsi valla kultuuriloos. Esimesena tõi Kooliteater Viimsi mõisas lavale etenduse pealkirjaga “Ma väga armastasin, muu ei loe”, mida mängiti 15 korda. Peaosades Laura Ojala ja Rünno Karna 2009 aastal.
Hiljem (iga 5 aasta järel 2009, 2014 ja 2019) sai sama etendus pealkirjaks “Ma vaatan maailma Igaviku aknast“.
Etendus kõneles Maria ja Johan Laidoneri perekonnast ja Eesti riigi loomisest. Sama etendusega sama aasta augustis oli omamoodi seotud ka “Lugu Rohuneeme kabeli tornikellast”, mis kõneles elavatest ning juba lahkunud Viimsi inimestest. VII Noorte Tantsijate suvelaagri ühisetenduses tegi kaasa üle 200 noore tantsija üle kogu Eesti. Etendus toimus Rohuneeme kalmistu kõrval muruplatsil ja publikut oli uskumatult palju. Sama etenduse käigus pühitses Viimsi Püha Jaakobi kiriku õpetaja Erkki Juhandi urni mullaga, mis pärines Vladimiri linna kalmistu ühishaualt, kuhu on maetud ka J. Laidoner. Hiljem maeti see muld Tallinna Siselinna kalmistule Maria ja Mihkel Laidoneri hauale.